Masjid Bandaraya Kota Kinabalu (Jawi: مسجد بانداراي کوتا کينابالو) ialah masjid utama kedua yang dibina di bandar Kota Kinabalu, Sabah, Malaysia selepas Masjid Negeri. Masjid ini terletak di persisiran pantai Likas dengan keluasan 14.83 hektar. Masjid ini boleh menampung 12,000 orang jemaah pada satu masa. Masjid tersebut telah dibuka dengan rasminya pada 18 Februari 2000 berikutan pengisytiharan bandar Kota Kinabalu sebagai sebuah bandar raya. Masjid ini mempunyai ciri-ciri Masjid Nabawi dengan hampir 70 peratus kawasan masjid dikelilingi air.